Friday, December 06, 2013

Velvet의 무서움...

예전에 Velvet 사용시 input 대비 사용할 만한 메모리를
표시한 포스팅이 있었는데...
input 서열양이 많아지니...
일정 이상에서는.... 그 두배정도가 필요할듯 보이네요..

raw데이터 (멀티 라이브러리) 압축 푼 데이터가 10G정도인데
필터링 하면 10G이하로 줄어들었을텐데...
72G 서버에서 헐떡데는 꼴이라니.... 쩝..

예상보다 시간이 많이 걸려서 왜 그러나 보니깐..
중간에 swap으로 가고 있는 상황이라..

velvet으로 어셈블리할때에는 일단 메모리가 무한한 곳에서... ㅎㅎ


그리고 velvet은 매번 할때마다 데이터 결과가 다르다는... ㅋㅋ
동일 버전에서 K-mer 및 다른 옵션을 동일하게 두번 돌렸을때 결과값이
달라지니 혹시 같은 옵션으로 돌린결과를 확인 할때 통계값이 상이해도
놀라시지 않으셔도 됩니다.


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