Wednesday, January 30, 2013

FASTX Tool Kit에서 phred33 사용하기

FAST{A/Q} 파일을 조작(그 조작말고요 고갱님~ ㅎㅎ)을
보다 수월하게 하는 명령어들을 모아놓은 아주 좋은 패키지 입니다.
(사실 전 몇개 안쓰지만요;;; 잇힝~ )

그러나 지금은 이 툴보다 좋은 프로그램들이 많이나와 있는 상태인데..

그래도 끄적 끄적... ㅎㅎ
혹시 다른 페이지들이 폐쇄되는걸 대비해서
백업용으로.....

fasta tool에서 fastx_quality_stats를 사용할 때 quality score관련한 error 메세지를 볼 수 있는데 이것은 fasta tool kit이 phred기준 +64를 좋아해서 그런다는...

그래서 fastx_quality_stats -i input.fastq -N -Q 33 -o quality.txt

이렇게 하면 된다고 이곳에 나와 있었습니다.

출처: shengliblog

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