Thursday, September 27, 2012

그렇게 좋은 PacBio에 손이 안가는 이유...

"진정 우리꺼는 여러분들에게 좋으면 좋지
해를 안끼친다는.... "

- PacBio 본사 시니어 연구원느님의 발표


그렇게해도 PacBio는 정이 안간다는 ㅎㅎ

Illumima/ Life Tech.는 "우리거 좋아, 한번 써봐" (라는 우리꺼 안쓰면 니네 좀 후회할껄?)라는 느낌이라면,

PacBio는 "이번 논문에도 나왔듯이 우리꺼쓰면 울트라 캡숑 짱 따봉 좋아요 한번 써보세요" (라는 느낌?)

점심먹으면서 K군과 담소를 나누면서
Microorganism/ Meta genome 분야에서는 454에 비해 확실히 경쟁력이 있는데
(미국에서 1K Fungal genome project에서 PacBio를 사용하고 있다고 합니다.)
그외에는 과연 얼마나 경쟁력이 있는지... 잘 모르겠다는.... ㅎㅎㅎㅎ

그리고 제일 중요한건,

개인적으로 PacBio를 선듯 사용하지 못하는 이유는
비용문제에 대해서 확실한 해결책을 제시하지 못하고 있다는것도 큰 문제인듯..

PacBio를 가장 괴롭히는 것이 Error ratio문제인데
어차피 random error니깐 depth가 많으면 된다는 점~

다만, 다른 시퀀서의 QV를 맞추기위해 그 depth만큼
시퀀싱을 하면 비용 증가로 이어진다는것.

지구상에 재료비에 제한을 두지 않고 풍족하게 사용가능한 랩을 제외하고
사용 가능한 QV에 맞는 depth만큼 시퀀싱할 랩 아니면 ㅎㄷㄷㄷ

모 어차피 시퀀싱 업체에 맡기면 되니깐~  :)

ps. 약간의 글 수정이 있었습니다.
ㄴㅈㅊ에 다니는 지인의 염려가 있어 약간 수정을 하였습니다.
기술적인 부분이 아닌 현실적인 문제인 비용문제에 대해서 언급했으니
모 문제가 있겠냐마는.. ㅎㅎㅎㅎ

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