Tuesday, May 08, 2012

MEGA5 Usage


오늘은 간단히 MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) 사용법 중
Multi Fasta Sequence가지고 Alignment하고 Phylogenetic tree를 그리는 것에 대해서 
간단히 알아보도록 하자. :)

MEGA 사이트에서 알아서 개인정보를 팔아서 다운로드를 받던지 주위에 이미 받아논
지인에게 달라고 해서 얻기를 바란다. 
일단 설치 후 실행 시키면 다음과 같은 화면을 접할 수 있다.




Alignment하고 싶은 파일을 Open하도록 하자.


위의 [Open A File/Session ...]을 클릭하게 되면 다음과 창이 뜨게되며 알맞은 파일을 선택하면 된다.



알맞은 파일을 선택 한 후 [열기]를 선택하면 다음과 같은 창이 뜨게 되는데 당황하지 말고 걍 [Align] 버튼을 클릭하면된다. :)


[Align]버튼을 클릭하면 다음과 같이 보여지게 된다.


이제 Align을 해보도록 하자. Alignment 프로그램 중에 Clustalw를 사용하도록 하자.
다음과 같은 [Alignment] -> [Align by ClustalW]를 클릭하면 된다.


만약 서열들을 선택해주지 않았다면 다음과 같은 경고창이 보이게 된다. 이때에는 [OK] 버튼을 클릭하면 된다.


이제 ClustalW를 실행시키기 위한 Parameter를 설정하게 되는데 사실 건드릴 일이 그렇게 있을까? 필요하면 기호에 맞게 수정해서 사용하시길...
Protein Weight Matrix만 잘 사용하면 크게 문제가 없을 것으로 보인다.


Parameter설정 후 [OK] 버튼을 클릭하면 다음과 같이 Alignment를 수행하게 된다.
단, 서열이 많을 수록 소요 시간은 기하급수적으로 늘어난다는 점만 주의하시길..


Alignment가 완료되면 다음과 같이 Align된 결과가 보여지게 된다.


MEGA에서는 MEGA만의 저장 format를 지원하는데 Alignment된 결과를 포함하여 저장하기 때문에 naming rule을 잘 정의해서 사용하면 동일한작업을 두번 할 필요가 없게 된다.
아래 그림은 Alignment 결과를 저장하는 MEGA Aln 포맷은 mas로 저장하는 그림이다.



Alignment를 하였다면 대게 Phylogenetic tree까지 그리고자 할 것이다.
그리기 위해서는 mas파일이 아닌 MEGA Format 파일이 필요하다. 이것은 Alignment를 수행 한 창에서 [Data] -> [Export Alignment] -> [MEGA Format]를 클릭하면  MEGA 포맷으로 저장할 수 있다.




드디어 Phylogenetic tree그리는 시간이다. :)
MEGA Main 화면에서 [Analysis] -> [Phylogeny] 선택 후 기호에 맞는, 상황에 맞는 방법을 선택하여 Tree를 생성하면된다. :)


위의 순서대로 Method를 선택 한 후 MEGA format의 파일을 열면 다음과 같은 Parameter 설정 창이 보이게 되된다. 여기서도 본인 분석에 맞게 설정하여 작업하면 트리가 나오게 된다.

그럼,
Good Luck. :)

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