Wednesday, March 21, 2012

Velvet 설치 및 사용기


벨벳은 메모리가 중요
그때 그때마다 다르긴 하지만
메모리 요구량이... ㅎㄷㄷㄷ


여하튼....
velvet 설치... make만 하면된다능...
단, 몇개 살펴봐야 하는 옵션은...

CATEGORIES
MAXKMERLENGTH
BIGASSEMBLY
LONGSEQUENCES
OPENMP

요렇게 5가지..
본인의 경우 MAXKMERLENGTH는 길게 (99까지..) OPENMP는 활성화해서 사용하고 있다.
K-mer는 hash table만들때 사용할 길이.. OPENMP는 멀티쓰레드로 분석하고자 하는 경우 필요하다.

>make 'MAXKMERLENGTH=99' 'OPENMP=1'

그 외에는 조건에 맞게 설정을 바꿔주면서 조립 시작하면 될듯... ㅎㅎ

결론은

May the Sequence  be with you.

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