Wednesday, March 21, 2012

PS3GRID



PS3GRID 공식홈페이지

일반 CPU를 이용한 계산 대신 보다 향상된
NVIDA의 GPU 프로세서 혹은 Playstation3의 Cell 프로세서를
이용한 분자 구조 예측 프로젝트.

구글링을 하시다보면 X-Box나 PS를 grid로 묶어서
실제로 연산작업을 하는 연구실도 있습니다.
-일반 CPU보다 월등한 성능을 나타내니 학생들이 교수 몰래
  잠시 여가를 즐기는 위험을 감수하는 듯 합니다. (그냥 웃자고 한 얘깁니다.)

"High-performance all-atom biomolecular simulation" 이라고 하니
일반 CPU보다 워낙 성능이 좋으니 특정 분자에서 각각의 원자들
하나하나에 대한 물리적인 값들을 이용하여 가장 작은 에너지값을
가지는 구조를 예측(??)하는 것 같습니다.

원자간 반발력까지 계산을... ㅎㄷㄷㄷ

사이트를 방문하시면 일반 CPU와 Cell processor/  GPU processor와의
연산 처리량 비교해논 것이 있는데...  적게는 10배 많게는 100배의 연산차이가...


사족
위에서 "가장 작은 에너지값을 가지는 구조를 예측"한다고 했는데,
구조가 가장 안정적인 것은 에너지값이 작을경우하는 것은 다들 아시지요?
그러나 요즘 단백질 예측의 경우 "가장" 낮은 에너지값이외에도 에너지 값이
약간 높아도 해당 단백질의 구조로 예측하는 경우가 있습니다.
-활성을 띠어야 할 단백질이 구조만 안정적이라고 그 기능을 과연 할 수 있을까하는
 생각이 포함된것 같습니다.

※ 잘못된 내용이나 수정되어야 할 내용, 추가되어야 할 내용이 있으면 코멘트 부탁드립니다.

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