Thursday, March 22, 2012

Linux에서 R Library 설치


Windows가 아닌 Linux에 ssh로 접속해서
R 라이브러리를 설치하거나 업데이트 하는 경우


>packageStatus()
--원하는 CRAN mirror를 선택한다
  개인적으로 Thukuba를 선호한다.
  근래 Beijing이나 Guangzhou도 선호한다.
>update.packages(ask=FALSE)
-패키지 설치시 확인을 안한다., 이거 언제 'y' 누르고 있어..;;


Bioconductor 설치 및 업데이트
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite() //biocLite(groupName="all")
>update.packages(repos=biocinstallRepos(),ask=FALSE)


Monograph 설치 및 업데이트
[Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor] 의 예제를 하기위해 필요한 Library를 한번에 설치 할 수 있음.
>source("http://bioconductor.org/getMonograph.R")
>getMonograph()


Sequence Analysis 관련 설치
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("ShortRead")


High Throughput Assays 관련 설치
>source("http://bioconductor.org/getMonograph.R")
>biocLite("flowCore")


RAN-seq 분석 관련 설치
>source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("DESeq")


일반 패키지 설치시 명령어
>install.packages("packages name")
-패키지 설치시 필요한 패키지가 더 있으면 알아서 설치

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