Wednesday, March 21, 2012

Custom rpsdatabase는 어떻게 만들까?


의외로 간단하다.
단 기본적인 서열 파일만 있으면 안된다.

blastpgp의 옵션 중인 -C 로 Output되는 scoremat 파일들이 필요하다.

scoremat 파일들이 생성되었다면
scoremat 파일들의 리스트 파일을 만들자
$for M in `ls *.asnt`; do echo $M >> [LIST].pn; done
※anst라는 확장자일 필요 없다. chk라도 상관없음.

scoremat 파일들의 리스트 파일을 만들었다면 rpsdatabase를 만들어보자
$/blast/bin/formatrpsdb -i [LIST].pn -o T -n LIST

formatrpsdb 프로그램만 실행시키면 만들어집니다.
작동은합니다. 작동은요~!! ㅋㅋ


참고사이트: NCBI, WARWICK

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