Friday, March 23, 2012

Blastall Manual


NCBI에서 제공되는 Blastall에 대한 메뉴얼
blast-2.2.18을 기준으로 작성합니다. 현재 2.2.20이 나와있죠??
아마 옵션은 거의 동일할것입니다.
제가 많이 사용하는 것을 중심으로 설명합니다.
-지금은 더 업되어 있을 겁니다.
 그리고 이제는 슬슬 BLAST+로 옮겨타보려고 계획중입니다. :)

-p 5개의 기본 blast 프로그램중 하나를 선택하는 옵션
ex) -p {blastn|blastp|blastx|tblastn|tblastx}

-d blast를 돌리기 위한 데이터베이스 선택하는 옵션
ex) -d {nr|nt|your_database_file}
blast에서 데이터베이스로 사용하기 위해서는 fasta파일을 formatdb로 blast에 사용할 수 있는 데이터베이스로 변환시켜주어야 사용 가능. formatdb 수행후 붙는 확장자 명은 적어주지 않아도 됨. 파일이름 적음.

-i 검색해보고 싶은 서열(들) 입니다. Query 파일은 fasta format으로 되어있어야 함.
ex) -i your_query_file.seq 현재폴더에 있는 서열 파일      
      -i /your/home/path/query.fasta 다른 폴더에 있는 서열 파일

-e Expectation value를 정해줘서 설정된 값보다 크면 결과에 포함시키지 않는 옵션. 일반적으로 blastn의 경우 1e-06/1e-12, blastp의 경우 1e-03/1e-06으로 설정하고 상황마다 조정하면서 사용.
ex) -e 1e-06
-m 결과 파일을 저장할때의 format 결정 옵션. 일반적으로 로컬에서 blast를 돌리시려는 분들은 대량의 서열을 분석하기 위함이니, -m 8이 결과 파일을 분석하기 용이함,
ex) -m 8


-o Blast 결과 파일 설정하는 옵션
ex) -o your_output_file


-M blast를 실행시킬때 Matrix를 사용하게 하는 옵션. 서열과 서열을 비교하면서 weight를 주어서 peptide 서열을 검색할때 사용됨. 기본값은 BLOSUM62.
Matrix는 /your_blast_folder/data/ 밑에 있음.
ex) -M {BLOSUM62|PAM250|your_matrix}

-a CPU가 1개 이상일때 blast 수행시 하나 이상의 cpu를 사용하게 하는 옵션
ex) -a 2

No comments: