Wednesday, March 21, 2012

BLAST+


BLAST+: architecture and applications

BLAST+는 기존 BLAST보다 드라마틱하게 속도가 개선되었고
BLAST 수행 후 보여지는 결과도 기존 BLAST보다 더 많은 정보를 포함하고 있는
울트라짱 업데이트된 BLAST...

그덕에 명령어나 옵션명이 많이 바뀌었다.

예전에 blastall이란 명령어에서 모두 처리했던 blast시리즈가 모두 각각의 명령어로 분리되었다.
blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx로...
그리고 formatdb가 makeblastdb로..

옵션의 경우 formatdb 시절 옵션이 그리 많지 않았는데
makeblastdb로 바뀌면서 꽤나 다양해지고(라고해도 사용하는건 정해져 있다.)
옵션 이름도 바뀌었으니 -h(간이 설명) 또는 -help(자세한 설명)로 꼭 확인하고 사용하시길...


ex) makeblastdb -in input_file -dbtype {nucl|prot} -parse_seqids

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