Wednesday, March 28, 2012

awk 사용법


Blast를 수행 시 -m 8을 하면 자료 뽑아내기가 쉬운 것을 알고 있다.
근데 리눅스에서는 awk라는 명령어를 사용하여 별도의 코딩을 하지 않고
일정 값 이상/이하의 결과들만 골라서 볼 수 있다.
-biodb의 wiki에 정리해둔 것이 있었는데...;;;

구글 뒤져보니 본인이 원하는 기능의 awk 기능을 잘 설명해 놓은 것이 있어서
그대로 옮겨보도록 한다. ㅋ

출처: :+:하늘을 닮은 호수:+:

-m 옵셥에서 8값을 선택한 결과 파일 (blastout.file) 에서 score가 100 이상의 결과들만 뽑길 원하는 경우
> awk '$12 > 100 { print $2 }' blastout.file

본 문장을 응용하면 결과값에 특정 문자열만 들어가 있는 것을 포함/제외 하고
출력하기, 결과값이 중복된 것이 있으면 sort를 이용하여 제거 할 수도 있으니
참 간편하지요? ;;;

그걸 몰랐던 학부 시절 때 하나하나 python으로 삽질하던 기억을 하면;; 아놔;;;
그러나 요즘도 걍 python으로 작업한다는 훈훈한 이야기가 전해내려 온다능..;;

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