Wednesday, March 21, 2012

AB1 파일 작업하기


출처: interactive-biosoftware

Python이 설치된 폴더의 Lib 폴더안에 ABIFReader.py
복사하여 넣어주고 사용하면 됨.

from ABIFReader import *


# creates an instance of ABIFReader
reader = ABIFReader(<filename>)
# version of ABIF file
reader.version
# print all entries of ABIF file "<name> (<num>) / <type> (<size>)"
reader.showEntries()
# read data for entry named <name> with number <num>, by default <num> is 1
data = reader.getData(<name>[, <num>])
# close the file, since it is kept open
reader.close()

본 파일을 이용하여 ABI3730xl에서 나온 ab1파일을 분석하는 경우 중간중간
몇몇 data type은 3500xl 버전을 참고해야되는 경우가 있었음.
ABIF Type의 Description이 잘 맞지 않은 것인지 AB1파일을 로드할때 중간에 missing되는 것이 있는지 정확히는 모르겠음.

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